La Presidencia del Consejo es ostentada por la Consejera de Educación, Universidades e Investigación del Gobierno Vasco. Ocupa la Vicepresidencia el Viceconsejero de Trabajo del Departamento de Trabajo y Seguridad Social del Ejecutivo autonómico. El cargo de Secretario recae sobre un funcionario del Departamento de Educación, Universidades e Investigación.

Son nombrados Consejeros:

• Dos representantes por cada uno de los Departamentos de Educación, Universidades e Investigación del Gobierno Vasco y de Trabajo y Seguridad Social.
• Un representante del Departamento de Industria, Comercio y Turismo y otro de Agricultura y Pesca del Gobierno Vasco.
• Un representante de las Diputaciones Forales.
• Siete representantes de la Confederación Empresarial Vasca.
  Siete representantes de organizaciones sindicales.
• Dos representantes de centros privados que impartan FP y otros dos de los centros públicos.

Todos los consejeros forman parte del PLENO del Consejo, mientras que la Comisión Permanente la componen:

• El Presidente del Consejo o miembro en quien delegue
• Cinco representantes de la Administración Autonómica
• Cinco representantes de la Confederación Empresarial Vasca
• Cinco representantes de las Organizaciones Sindicales
• Un representante de centros docentes privados de FP
• Un representante de centros docentes públicos de FP