La elaboración de propuestas de creación y seguimiento de los mecanismos de coordinación científica y tecnológica del Gobierno.
La propuesta de establecimiento de los programas de investigación y desarrollo tecnológico en el ámbito universitario.
La propuesta de asignación de los recursos destinados por el Departamento de Educación, Universidades e Investigación a los proyectos de investigación, organizando un banco de datos al respecto.
La elaboración de programas de formación de investigadores, preparando e inspeccionando la actividad de los becarios.
El desarrollo de las funciones que para el Departamento de Educación, Universidades e Investigación se establecen en el Decreto 96/1997, de 29 de abril, por el que se constituye y se regula la Red Vasca de Tecnología mediante el establecimiento de relaciones de colaboración y coordinación con las entidades de investigación tecnológica de Euskadi y la determinación de las características y funciones de las mismas.
El establecimiento y definición de las convocatorias de ayudas y subvenciones a la investigación.
La propuesta de nuevas fórmulas en los programas de investigación para adaptar el sistema y la comunidad científica a los desafíos de la innovación.
La propuesta y supervisión de las previsiones contenidas en materia de investigación en los contratos-programa suscritos por el Departamento.
La evaluación y propuesta de los contenidos y objetivos de las fundaciones universidad-empresa.
El impulso de las medidas que en materia de política de investigación prevé la Ley de Ordenación Universitaria.
La gestión de los programas concretos, que correspondan al Departamento de Educación, Universidades e Investigación, del Plan Vasco de Ciencia y Tecnología, en coordinación con otros Departamentos gubernamentales y otros agentes económicos y sociales.