Para el desarrollo de sus labores el CVFP cuenta con un reglamento de organización y funcionamiento que atribuye las funciones y distribuye las responsabilidades de gestión entre los siguientes órganos:

• PLENO
• COMISIÓN PERMANENTE
• COMISIONES DE TRABAJO Y SEGUIMIENTO
• PRESIDENCIA
• SECRETARIA

Todos ellos funcionan de modo coordinado y tienen atribuídas misiones específicas para el más correcto desarrollo del alto papel estratégico que posee la Formación Profesional para el futuro de la Comunidad Autónoma del País Vasco.